Organisatsiooni tegevus toetub järgmistele põhiväärtustele :

Eesti Meremeeste Sõltumatu Ametiühing on tegus organisatsioon, mis suudab efektiivselt esindada ning kaitsta oma liikmete huve kõigil tasemetel ja institutsioonides, samuti avalikkuses. EMSA esmaseks ülesandeks on meremeestele ja sadamatöötajatele kaasaegse töökeskkonna, töö- ja palgatingimuste ning sotsiaalsete garantiide kehtestamine ennekõike läbi kollektiivlepingute ja seadusandluse.

1. Organisatsiooni areng

1.1. Liikmelisuse suurendamine tugevdamaks EMSA mõju merendussektoris sh. kaubalaevadel töötavate meremeeste organiseerimine ja organiseerimistegevuse  laiendamine sadamates.

1.2. Usaldusisikute kaitse meetmete väljatöötamine ning ellu rakendamine

1.3. Usaldusisikute ja aktiivsete liikmete pidev koolitamine.

1.4. Organisatsioonisisese infovahetuse parandamise ja kaasajastamise jätkamine. Pidev infovahetus liikmeskonnaga tööõiguse, sotsiaal- ja tervisekindlustuse küsimustes.

1.5. Organisatsiooni aktsioonivõime tõstmine

1.6. Osakondadeülese tegevuse soodustamine, sealhulgas vabaaja ürituste organiseerimine, et suurendada liikmete kaasatust ja nende informeeritust ametiühinguasjadest.

1.7. Noorte ja seeniorite sektsiooni moodustamine.

1.8. Liikmete kutseau edendamine, läbi EMSA koostöö vastavate kutseliitudega ja nende sektsioonide moodustamise EMSA-s . Iga EMSA liige ja tema töö on väärtuslikud.

1.9. EMSA pikaajalise arengukava väljatöötamine (2015-2025).

2.        Liikmete heaolu

2.1. Tulemuslike kollektiivläbirääkimiste pidamine ja üleriigiliste harukollektiivlepingute väljatöötamine. Sõlmitavad kollektiivlepingud peavad garanteerima liikmetele töösuhetes seadusandlusest paremad garantiid ja soodustused. Kontrolli tugevdamine kollektiivlepingu tingimuste täitmise üle, üleskerkinud probleemide tulemuslik lahendamine.

2.2. Töökoormuse normeerimise taotlemine kogu merendussektoris suurendamaks kehtestatud palgasüsteemide võrreldavust ja mõistetavust.

2.3. Töö- ja puhkeaja normide täitmise kontrollimine töökohtadel, et tagada liikmetele õiglane tasu teostatud ületunnitööde korral ning võimaldada neile tervise taastamiseks piisav puhkeaeg.

2.4. Koostöö arendamine tööinspektsiooni ja teiste riiklike järelvalveorganitega tagamaks liikmetele ohutud ja nõuetele vastavad töötingimused.

3.        Merenduspoliitika ja mereharidus

3.1. Riikliku merenduspoliitika  ja meremeestele maksusoodustuste kehtestamise nõudmine

3.2. Meremehe elukutse populariseerimine ja meretranspordi osatähtsuse teadvustamine ühiskonnas, sealhulgas pidades eriti oluliseks tööd õppeasutustes laste ja noortega ning avalikes teabekandjates info levitamist.

3.3. Merehariduses esilekerkivate probleemide lahendamisele kaasaaitamine ning kaasaaegse kutsehariduse süsteemi väljaarendamise igakülgne toetamine.

3.4. Aktiivne osalemine merendussektorit ja töösuhteid puudutava seadusandluse väljatöötamisel ja muutmisel, et tagada eestimaise meremehe töökohtade säilimine ja

       töötaja kui töösuhte nõrgema osapoole senisest parem kaitse.

3.5. Meretöökonventsioonist tuleneva järelevalve tegevusele kaasaaitamine. Sadamaid puudutavate ILO konventsioonide ratifitseerimisele kaasaaitamine ja sadamatöö suuniste rakendamise nõudmine.

4.         Koostöö teiste ametiühingute ja organisatsioonidega

4.1. Transpordisektori ametiühingute koostöö igakülgne edendamine, sealhulgas osavõtmine Rahvusvahelise Transporditöötajate Föderatsiooni ja Euroopa Transporditöötajate Föderatsiooni tegevusest, asetades pearõhu tihedale infovahetusele ja ennekõike EMSA liikmeskonna huvide kaitstusele läbi rahvusvahelise toetuse.

4.2. Koostöö arendamine EAKL-i liikmetega, tagamaks ametiühingute populaarsuse kasvu Eestis tervikuna.

4.3. Koostöö arendamine kõigi institutsioonide ja organisatsioonidega, kes toetavad töökohtade loomist Eesti lippu kandva kaubalaevastiku taastamismeetmete abil.